Desde hace décadas los directores del Sistema de Centros-Conacyt, como el CIDE, son designados por el o la directora general del Conacyt en turno. Esta es la gran contradicción entre los científicos de dichos centros, cuyo pensamiento crítico es fundamental: Pueden cuestionar conocimientos establecidos, pero no tienen la libertad ni la capacidad de decidir quiénes los dirigen.